股权转让协议可以约定管辖。依据我国相关法律的规定,签订股权转让协议时,在协议中是可以约定纠纷管辖法院的,但约定管辖权不得违反级别管辖和专属管辖的规定。双方当事人约定的协议管辖,如果违反级别管辖或者专属管辖的,双方当事人约定的协议管辖无效。