1、适用不同的法律。个人独资企业适用《个人独资企业法》，个体工商户适用《个体工商户管理暂行条例》。
2、成立的条件不同。个人独资企业要有企业名称，而且具有固定的生产经营场所和必要的生产经营条件及从业人员。个体工商户可以自主决定是否采用字号名称，没有从业人数的限制，一些个体工商户不需要固定的经营场所。
3、投资主体和财产所有权不同。个人独资企业只能由一个自然人投资，其财产为投资人个人所有。个体工商户可以个人投资，也可以家庭投资经营，个人投资的财产所有权为个人所有，家庭投资的财产为家庭所有。
4、民事责任形式不同。个人独资企业以投资人个人财产对企业债务承担无限责任。个体工商户个人经营的，是以个人全部财产承担民事责任;家庭经营的，以家庭全部财产承担民事责任。但个体工商户中即使是个人投资，如果家庭享受个人投资所得，也需以家庭财产承担责任。
5、缴纳不同的税费。个人独资企业依照国家对企业征税的有关规定执行，被视作企业进行调查，不需缴纳管理费。个体工商户除依法纳税外，还必须向工商行政管理机关缴纳一定比例的管理费。
6、清算的程序不同。个人独资企业解散，由投资人自行清算或者由债权人申请人民法院指定清算人进行清算。个体工商户歇业时无清算程序，只需向原登记机关办理歇业手续，缴销营业执照。
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