有限责任公司未能设立时的入资款可通过如下方式处理:涉及已经出资的股东,则公司需要返还出资;对于未能出资的股东,不需要再出资。并且公司的设立人需要依法承担为设立公司而支出的相关费用和损失赔偿责任。
公司是企业法人,有独立的法人财产,享有法人财产权。公司以其全部财产对公司的债务承担责任。