不是股东本人签名的合同有法律效力吗

可以，但是也需是通过股东本人同意才行，如果没有通过股东本人同意就代签，至于如果不是本人签字或与工商局存档的原法人代表签字笔迹不同，以后这个股东提出异议的时候，会闹纠纷，如果不会出现股东提出异议的，工商局就会认同为本人签字的，工商局提出异议原则上必须是股东本人签字。