公司合并的程序如下:1、依法签订合并协议;2、通过合并协议;3、编制资产负债表和财产清单;4、通知债权人和公告;5、主管机关批准;6、办理公司变更、注销登记。公司合并,应当由合并各方签订合并协议,公司合并协议是指由两个或者两个以上的公司就公司合并的有关事而订立的书面协议。