保护改制企业小股东合法权益的方法如下：
1、在相关法律的强制性规定下，可以在章程中制定更严格的规定，以限制大股东的行为；
2、公司法章程规定的股东权利义务等相对简单或不完善的地方可以细化，具有可操作性；
3、建立公司财务、政务公开制度；
4、赋予普通股东更多的知情权和调查权。
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