不合法。
《劳动法》规定工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。公司制度规定旷工扣三倍工资是不合法的,中劳法中有明确条例,在伤害人身健康以及利益的情况下签署的合同无效,而且中劳法有规定,扣除工资最高只是当日工资的百分之七十,或月终奖金的百分之三十。