合并公司与收购公司的主要区别是:
1、主体不同，合并主体是公司，收购主体是收购公司和目标公司的股东
2、效果不同，合并的后果是公司实体的变化，收购的后果是目标公司控股股东的变化
3、性质不同，合并是双方协商合作的结果，收购包括要约收购
4、程序和法律适用不同。合并遵守《中华人民共和国公司法》，收购遵守《中华人民共和国证券法》。
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