1、概念不同：
土地增值税是指转让国有土地使用权、地上的建筑物及其附着物并取得收入的单位和个人，以转让所取得的收入包括货币收入、实物收入和其他收入减去法定扣除项目金额后的增值额为计税依据向国家缴纳的一种税赋，不包括以继承、赠予方式无偿转让房地产的行为。
增值税是以商品在流转过程中产生的增值额作为计税依据而征收的一种流转税。从计税原理上说，增值税是对商品生产、流通、劳务服务中多个环节的新增价值或商品的附加值征收的一种流转税。实行价外税，也就是由消费者负担，有增值才征税没增值不征税。
2、征税范围不同：
增值税征税范围包括货物的生产、批发、零售和进口4个环节。此外，加工和修理修配劳务也属于增值税的征税范围。土地增值税的征税对象是有偿转让房地产产权所取得的增值额。
3、扣除项目和计税方法不同：
增值税的应纳税额是当期销项税额减去当期进项税额的余额，实行的是税款抵扣制。同时规定了准予抵扣的进项税额限于从销售方取得的增值税专用发票和从海关取得的完税凭证上注明的增值税额。购进免税农产品准予抵扣的进项税额，按照买价和规定的扣除率计算。
土地增值税是要先根据转让房地产取得的收入总额与扣除项目金额计算出增值额，然后计算增值额占扣除项目金额的比例，即增值率，再依据增值率对照适用税率计算应纳税额。
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