股权转让协议和工商登记不符并不影响两者的效力。若工商管理机关不予办理变更登记手续可以有以下几个处理办法：
(一)受让股东可以向人民法院提起诉讼，要求确认股权转让协议有效，并强制转让，由工商管理机关依据生效判决变更股权登记。
(二)受让股东也可依据股权转让协议及其他变更文件，提起行政诉讼，起诉工商管理机关履行变更登记的职责。
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