有影响。总公司对分公司有连带责任,不管债权债务,还是工商税务。分公司不去注销税务,不能如期申报,分公司就会上税务的黑名单,分公司对税务的罚款、处罚不处理,就会连带总公司上黑名单,导致总公司开票、报税都会出现问题。分公司不具有法人资格,其民事责任由公司承担。