两个公司的分公司可以合并吗

可以。从法律角度上讲，分公司不具有独立的主体资格，它只是总公司的一个分支(其财产实际为总公司所有)，因此不是公司合并的问题(合并至少得两个公司)。关于“分公司的合并”，可以先将分公司注销，先由总公司做出分公司撤销的决议，总公司应当自决议作出之日起30日内向该分公司的公司登记机关申请注销登记。申请注销登记应当提交总公司法定代表人签署的注销登记申请书和分公司的《营业执照》。分公司注销后，申请住所变更登记。公司变更住所的，应当在迁入新住所前申请变更登记，并提交新住所使用证明。所以，在法律上分公司的合同较为简单。

但是最麻烦的是税务机关的合并，分公司的营业执照是非独立法人，但是地方的税务登记往往是按独立法人办理的，即以独立法人的核算纳税的，所以最大阻力是来自税务机关，要求其出具完税证明就行。各地的税务机关为了多纳税，注销一个分公司，就断了他一个财路，影响到财政收入，以具体的办理过程中可能遇到一些困难。