一、职位上的不同：法定代表人是企业的代表，是企业的负责人。实际控制人是企业的主要投资人或者间接但具体控制权的人。实际负责人可能只是一个挂名人物，不参与公司经营管理，公司实际上的管理者，就是实际负责人。
二、义务上的不同：单位负责人是单位会计行为当然的责任主体，将有利于从根本上确保单位内部约束机制的健全、完整与有效。法定代表人是指依法代表法人行使民事权利，履行民事义务。实际控制人则是实际控制上市公司或其他组织。
三、责任上的不同：法律规定单位负责人的具体责任形式，主要是发挥法律的威慑作用，促使单位负责人更好地贯彻落实《会计法》的各项规定，切实履行保证单位会计资料真实性和完整性的责任。
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