注册分公司的主要注意事项有:一、分公司的申请,设立由母公司进行,不涉及注入资助册资本这一环节,分公司的经营资金由总公司共计并由总公司的资产对分公司的债债务承担法律责任。二、分公司的名称核准只需要在总公司的名称之后加上分公司的名称即可。三、分公司财务核算,同一地区分公司成立后会计核算方式一般由税务机关核定为非独立核算,不具备开具发票资格,外地公司分公司可以向税务部门申请独立核算或非独立核算,并可申请增值税资格。四、分公司不独立承担民事责任,由总公司成承担,并且没有自己的章程,没有董事会等形成公司的经营决策和业务执行机关。五、外资分公司不须有个区外经委审批,直接到注册地所属工商局进行登记,特殊行业除外。