1、适用对象不同：诉讼时效适用于请求权；除斥期间适用于形成权。
2、法律效力不同：诉讼时效的法律效力表现为胜诉权之丧失，权利本身并不消灭；除斥期间的法律效力表现为形成权的消灭。
3、价值取向不同：设置诉讼时效的价值在于促使权利人及时行使权利，加速财产的流转，消灭原有法律关系；设置除斥期间的价值在于消除当事人关系中的不确定、不稳定因素，维护交易安全，维护原有法律关系。
4、期间和计算不同：诉讼时效一般长于除斥期间，而且诉讼时效可能中止、中断甚至延长；而除斥期间固定不变。
5、适用的主动性不同：法官不能迳行适用诉讼时效，只在义务人主张时效利益时，法官才能适用；但是法官可以依职权主动适用除斥期间。
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