用人单位遗失劳动合同没有什么后果。
通常来说劳动合同都是一式两份,即使用人单位的劳动合同遗失了,劳动者手上还有一份劳动合同,用人单位可以按照劳动者手上的劳动合同进行复印并重新签字盖章。
同时需要注意:用人单位对已经解除或者终止的劳动合同的文本,至少保存二年备查。