1、两者内容不同。竞业限制条款要求劳动者在终止或解除劳动合同后的一定期限内不得在生产同类产品、经营同类业务或有其他竞争关系的用人单位任职,也不得自己生产与原单位有竞争关系的同类产品或经营同类业务。保密条款要求劳动者保守用人单位的商业秘密。竞业限制义务是保密义务的一个方面。
2、两者发生效力的期限不同。竞业限制条款在劳动合同中为延迟生效条款,也就是劳动合同的其他条款法律约束力终结后,该条款开始生效。保密条款一般只针对合同有效期限内发生法律效力。
3、两者对是否要支付补偿金方面不同。用人单位与劳动者在约定竞业限制条款的,必须同时约定经济补偿的内容。保密义务无须支付经济补偿。