(一)性质不同。股东协议属于任意性文件,并非设立公司的必备文件(股份有限公司、中外合资经营企业、中外合作经营企业除外);而公司章程是公司设立的必备文件,《公司法》第23条关于有限责任公司的设立,《公司法》第76条关于股份有限公司的设立.
(二)内容不同。股东协议的内容是发起股东在公司设立过程中的各自的权利义务,属于发起股东之间的任意性约定;而公司章程一方面是体现了发起股东的主观意志,另一方面还体现了法律对公司内外关系的强制性要求,如果公司章程缺少了法定记载事项,将导致无效。
(三)效力不同。股东协议的效力及于参与协议签订的各方发起股东;而公司章程的效力及于“公司、股东、董事、监事、高级管理人员”(《公司法》第11条)