1、合作协议是否有效要根据实际情况而定,法人以公司名义签订的合同都是有效的,除非对方明知道该份合同是未经公司同意而签订的。如果法人签订的合同损害了公司或者股东的利益,股东可以要求法人赔偿损失。但对签订合同的另一方来说,他依然有权要求公司按照合同约定的内容履行义务。
2、对协议双方是有效的。但对于其他善意第三人是无效的,若该名义上的持股人将股份移转的,第三人取得股份,股东只能要求名义持股人赔偿。办理工商登记,并在公司股东名册上载明为股东。