获得注册商标专用权，变更名义后被驳回费用能退吗

我公司之前申请了一批商标，有的已经获得了注册商标专用权，有的还在审查中，有的处在驳回复审的阶段，还有在异议程序中。
因公司名称发生了变化，于是我公司将所有已经取得注册商标专用权的商标做了注册人名义变更，然后就收到商标局发来的补正通知，要求将驳回复审中的商标也做名义变更。
我们对处在驳回复审中的商标申请也要做名义变更不是很理解，驳回复审中的商标的权利还不确定，有可能被再次驳回，而商标法实施条例第24条规定“变更商标注册人名义或者地址的，商标注册人应当将其全部注册商标一并变更”，难道这条的规定不是说只有注册商标才要全部变更名义么？
我的问题就是：在进行名义变更时，“其全部注册商标”的含义是指的什么，除了注册商标外，其他的情况有哪些？
另外，就我公司的情况来说，处在驳回复审中的商标申请，如果变更了名义以后仍然被驳回了，这笔变更费能退回么？
驳回复审中的商标，如果不办理一并变更，一旦该商标被核准注册，将造成同一注册人的商标在名义上不属于同一人，由此，可能造成混淆、误认或其他不良影响。