对于有限责任公司基于约定进行股权回购后股权如何处理,根据工商总局对于《公司法》74条法定回购条款的规定,收购股权应依法办理减资变更登记。
股权回购后应按照法定程序办理减资工商变更手续。根据司法判例,公司名义上进行减资,但未履行减资法定程序的,视为抽逃出资性质。