劳动者违反服务期约定的,应当按照约定向用人单位支付违约金。
劳动者违反竞业限制约定的,应当按照约定向用人单位支付违约金。
只有这两种情形才能与劳动者约定由劳动者承担违约金,保守商业秘密不属于以上两种情形,所以不能在保密协议中约定违约金。不能约定违约金不代表不能要求赔偿,用人单位可以在保密协议中对赔偿的计算方法进行明确,再加上相应的损失证明,同样可以达到要求赔偿的目的。